GimpをUbuntu11.10にインストールする

・ Gimpのインストール

>sudo add-apt-repository ppa:matthaeus123/mrw-gimp-svn
>sudo apt-get update
>sudo apt-get install gimp
Reading package lists... Done
Building dependency tree
Reading state information... Done
Some packages could not be installed. This may mean that you have
requested an impossible situation or if you are using the unstable
distribution that some required packages have not yet been created
or been moved out of Incoming.
The following information may help to resolve the situation:

The following packages have unmet dependencies:
gimp : Depends: libgimp2.0 (>= 2.7.5) but it is not going to be installed
Depends: libgimp2.0 (<= 2.7.5-z) but it is not going to be installed
Depends: libglib2.0-0 (>= 2.31.2) but 2.30.0-0ubuntu4 is to be installed
E: Unable to correct problems, you have held broken packages.

上記の方法でやると、
上記のようになって、インストールできないみたいです。

Ubuntu11.10にLaTeXをインストール

LaTeXのインストール

>sudo apt-get install texlive-latex-extra
>sudo apt-get install latexmk dvipng
>sudo apt-get install xpdf gs-cjk-resource
>sudo apt-get install vfdata-morisawa5 dvi2ps-fontdesc-morisawa5
>sudo apt-get install cmap-adobe-japan1 cmap-adobe-japan2 cmap-adobe-cns1 cmap-adobe-gb1
>sudo jisftconfig add

BioRuby, ChemRubyのインストール,塩基・アミノ酸配列

・Rubyのインストール
現在のUbuntuには標準でRubyはインストールされています。
インストールされているバージョンではないものをインストールしてい場合は、
Rubyサイトからtarボールを落とすか、>apt-cache search ruby* (bashで)で探してインストールしてください。


・RubyGemsのインストール

>sudo apt-get install rubygems

バージョンの確認は、
>gem -v

PyMOL,Python,数値演算ライブラリーのインストール

・ PyMOLのインストール

>sudo apt-get update
>sudo apt-get install pymol

・インストール後のエラーについて

>pymol
...
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/pmg_tk/PMGApp.py", line 315, in initializePlugins
    __builtin__.__import__(mod_name)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/pmg_tk/startup/autodock.py", line 48, in <module>
    from numpy import *
ImportError: No module named numpy
Error: unable to initialize plugin 'autodock'.
 PyMOL: normal program termination.

pymolだけインストールすると上記のようにエラーを起こす。
このエラーの回避方法は以下の通り。

>sudo apt-get install libatlas-base-dev
>sudo apt-get install python-numpy
>sudo apt-get install python-scipy

(参照) : http://axela5004.blog74.fc2.com/blog-entry-607.html


・AutoDock Toolsのインストール

>sudo apt-get install autodocktools autodock autogrid

実行の仕方
>autodock4

OpenFOAM のインストール

1. Download
Source Pack Installation : http://www.openfoam.org/download/source.php上記のサイトから OpenFOAM-2.1.0.tgzとThirdParty-2.1.0.tgzをダウンロードしてくる。

2. 展開する

>cd
>mkdir ~/OpenFOAM
>cd OpenFOAM
>mv ../Downloads/ThirdParty-2.1.0.tgz  .
>mv ../Downloads/OpenFOAM-2.1.0.tgz .
>tar xvzf OpenFOAM-2.1.0.tgz
>tar xvzf ThirdParty-2.1.0.tgz

Blender インストール

1. インストール

>sudo add-apt-repository ppa:cheleb/blender-svn
>sudo apt-get update
>sudo apt-get install blender

(参考) : http://abikounso.blogspot.jp/2011/04/ubuntu-1010blender-25.html

Amber11 install for ubuntu

[install前の準備]

>bash
>sudo apt-get install zlib*

[installの流れ]
1. Amber11を購入する
・Amber11 page : http://ambermd.org/#Amber11 

glut-3.7 インストール

1. imakeとxmkmfをインストールする

>sudo apt-get install xutils-dev
or
>sudo apt-get install imake

※投稿者的には上をお勧めします。

2. glut3.7をダウンロードする
Download page : http://www.opengl.org/resources/libraries/glut/
glut-3.7.tar.gzをダウンロードしてくる。

SSHで公開鍵認証も用いて、パスワードなしでアクセスする方法

1.
クライアント側で

>ssh-keygen -t rsa

全て「Enter」でOK。

2. 実行後、~/.ssh/id_rsa と ~/.ssh/id_rsa.pub という二つのファイルが作成される。

3. 前にrootで作ったssh.tarを自分のホームの下にコピーしてくる。

>su
>cp -rf ssh.tar ~/

4.

>tar -xvf ssh.tar

HDDの初期設定(Ubuntu)

1. HDDを増設させる
一つ目にHDDはジャンパーピンがmasterになっているので、
二つ目として増設させるHDDのジャンパーピンをslaveにする。

※ケーブルセレクティングで自動認識してもよい。
この場合もジャンパーピンも指定しておくようにする。
(参考) : http://homepage2.nifty.com/kamurai/HDD2.htm


2. ドライブ類への信号ケーブルを接続する
マスターは黒色に、スレイブは灰色に接続。
(参考) : http://asugi23.web.infoseek.co.jp/diyf/diy503.htm#2


3. diskが認識されるか確認する。
PCを起動させて、

>sudo fdisk -l
Disk /dev/sda ...
...
Disk /dev/sdb ...
...

今回は二枚目を指したので、
sdaが元々ささっていたHDD(マスター)で、sdbが今回さしたスレイブのHDDだとわかる。

Master & Slaveノードの設定方法(Ubuntu)

・ネットワーク設定
(参考) : http://clown-do.ddo.jp/index.php?id=523

・計算機/クラスタUbuntu
(参考) : http://meme.biology.tohoku.ac.jp/klabo-wiki/index.php?%B7%D7%BB%BB%B5%A1%2F%A5%AF%A5%E9%A5%B9%A5%BFUbuntu

・Master Nodeの設定
1.1. ネットワークの現状確認

>ifconfig -a

(ifconfig説明)：http://www.atmarkit.co.jp/fnetwork/netcom/ifconfig/ifconfig.html

1.2. ネットワークインタフェースの設定
/etc/network/interfacesを設定する。

・ネットワークの設定確認

>cat /etc/network/interfaces

※interfacesファイルは唯一無二なのでそれぞれで必ず指定すること！

Install and Configure MPI by Intel Compiler

1. Download page for mpi

    ・MPICH2  : http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/
    ・OpenMPI : http://www.open-mpi.org/

2. tarファイルを解凍する

    >mv openmpi-1.4.5.tar.gz ~/
    >mv mpich2-1.4.1p1.tar.gz ~/
    >cd ~/
    >tar -xvzf  mpich2-1.4.1p1.tar.gz    or    >gunzip -c mpich2-1.4.1p1.tar.gz | tar -xof -
    >tar -xvzf  openmpi-1.4.5.tar.gz    or    >gunzip -c openmpi-1.4.5.tar.gz | tar -xof -

   (参考) : http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/installation.html

Intel Fortran Non-Commercial Software Development

[インストールの流れ]
1. "Intel^® Fortran Composer XE 2011 for Linux"からダウンロード。
2. 情報を入力して、32bit/64bit版をダウンロードする。
3. >tar -xvzf filename.tgzで解凍する。
4. メールに添付されたライセンスを今解凍したディレクトリーに置く。
5. 実行する。

>su
>./install.sh

後の流れはCのときと同じ。

Intel C Non-Commercial Software Development

[インストールの前の準備]

※tcshだとapt-getの「*」で起こられるので、必ずbashになってから行うこと。

>bash

>sudo apt-get install gcc*
>sudo apt-get install glib*
>sudo apt-get install libstdc*
>sudo apt-get install libgcc*
>sudo apt-get install build-essential

※A

>sudo apt-get install gcc-multilib
>sudo apt-get install rpm
>sudo apt-get install ia32-libs  (only needed if you install the 32bit compiler)
>sudo apt-get install openjdk-6-jre-headless

※Aのところで、

dpkg: error processing gmetad (--configure):                                              
  subprocess installed post-installation script returned error exit status 9  
Processing triggers for libc-bin ...                                                                
ldconfig deferred processing now taking place                                           
Errors were encountered while processing:                                                
  ganglia-monitor                                                                                           
  gmetad                                                                                                        
E: Sub-process /usr/bin/dpkg returned an error code (1)                            

というエラーを受けた場合の対処方法。

[対処方法]

>sudo adduser --system --ingroup ganglia --home /var/lib/ganglia ganglia
>sudo apt-add-repository ppa:mark-mims/ppa
>sudo apt-get update
>sudo apt-get install ganglia-webfrontend=3.1.7-2ubuntu4
>sudo apt-get install gmetad=3.1.7-2ubuntu4
>sudo apt-get install ganglia-monitor=3.1.7-2ubuntu4

(参照) : https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/ganglia/+bug/854866

ubuntu root/su 設定

・root設定の方法
  (su: Authentication failure)と表示されて拒否される場合は、rootのパスワードの作成が必要。

  >sudo su -
  #passwd

  で、ユーザーrootのパスワードの設定を行う。


(参考ページ) : http://80286.blog62.fc2.com/blog-entry-17.html


・rootのシェルの変更方法

 >su
 >chsh
 >exit
 >su
 >cp /home/XXXX/.tcshrc /root
 >source /root/.tcshrc

・一般ユーザーの作り方

>su
>adduser (usrname)

Ubuntu 11.10 setting memo

・PPPoEを使ったネットワーク接続方法

   >sudo pppoeconf

・Gtk-WARNING **: Unable to locate theme engine in module_path: "pixmap"を取る方法

   >sudo apt-get install gtk2-engines-pixbuf

・Ubuntu 11.10 Englishでの日本語入力の設定方法
http://www.localizingjapan.com/blog/2011/10/16/japanese-input-on-ubuntu-linux-11-10-oneiric-ocelot/

How to Install Ubuntu 11.10

1. Download Ubuntu
Ubuntuを以下のページからダウンロードしてくる。
(URL: http://www.ubuntu.com/download/ubuntu/download)
ダウンロードしたisoをディスクに焼く。
2. 焼いたUbuntuディスクを挿入する。
3. Welcome画面
言語を「English」にして、「install Ubuntu」をクリック。