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2012年3月20日火曜日

PyMOL,Python,数値演算ライブラリーのインストール

・ PyMOLのインストール
>sudo apt-get update
>sudo apt-get install pymol

・インストール後のエラーについて
>pymol
...
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/pmg_tk/PMGApp.py", line 315, in initializePlugins
    __builtin__.__import__(mod_name)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/pmg_tk/startup/autodock.py", line 48, in <module>
    from numpy import *
ImportError: No module named numpy
Error: unable to initialize plugin 'autodock'.
 PyMOL: normal program termination.

pymolだけインストールすると上記のようにエラーを起こす。
このエラーの回避方法は以下の通り。
>sudo apt-get install libatlas-base-dev
>sudo apt-get install python-numpy
>sudo apt-get install python-scipy

(参照) : http://axela5004.blog74.fc2.com/blog-entry-607.html


・AutoDock Toolsのインストール
>sudo apt-get install autodocktools autodock autogrid

実行の仕方
>autodock4