GimpをUbuntu11.10にインストールする

・ Gimpのインストール

>sudo add-apt-repository ppa:matthaeus123/mrw-gimp-svn
>sudo apt-get update
>sudo apt-get install gimp
Reading package lists... Done
Building dependency tree
Reading state information... Done
Some packages could not be installed. This may mean that you have
requested an impossible situation or if you are using the unstable
distribution that some required packages have not yet been created
or been moved out of Incoming.
The following information may help to resolve the situation:

The following packages have unmet dependencies:
gimp : Depends: libgimp2.0 (>= 2.7.5) but it is not going to be installed
Depends: libgimp2.0 (<= 2.7.5-z) but it is not going to be installed
Depends: libglib2.0-0 (>= 2.31.2) but 2.30.0-0ubuntu4 is to be installed
E: Unable to correct problems, you have held broken packages.

上記の方法でやると、
上記のようになって、インストールできないみたいです。

Ubuntu11.10にLaTeXをインストール

LaTeXのインストール

>sudo apt-get install texlive-latex-extra
>sudo apt-get install latexmk dvipng
>sudo apt-get install xpdf gs-cjk-resource
>sudo apt-get install vfdata-morisawa5 dvi2ps-fontdesc-morisawa5
>sudo apt-get install cmap-adobe-japan1 cmap-adobe-japan2 cmap-adobe-cns1 cmap-adobe-gb1
>sudo jisftconfig add

BioRuby, ChemRubyのインストール,塩基・アミノ酸配列

・Rubyのインストール
現在のUbuntuには標準でRubyはインストールされています。
インストールされているバージョンではないものをインストールしてい場合は、
Rubyサイトからtarボールを落とすか、>apt-cache search ruby* (bashで)で探してインストールしてください。


・RubyGemsのインストール

>sudo apt-get install rubygems

バージョンの確認は、
>gem -v

PyMOL,Python,数値演算ライブラリーのインストール

・ PyMOLのインストール

>sudo apt-get update
>sudo apt-get install pymol

・インストール後のエラーについて

>pymol
...
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/pmg_tk/PMGApp.py", line 315, in initializePlugins
    __builtin__.__import__(mod_name)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.7/pmg_tk/startup/autodock.py", line 48, in <module>
    from numpy import *
ImportError: No module named numpy
Error: unable to initialize plugin 'autodock'.
 PyMOL: normal program termination.

pymolだけインストールすると上記のようにエラーを起こす。
このエラーの回避方法は以下の通り。

>sudo apt-get install libatlas-base-dev
>sudo apt-get install python-numpy
>sudo apt-get install python-scipy

(参照) : http://axela5004.blog74.fc2.com/blog-entry-607.html


・AutoDock Toolsのインストール

>sudo apt-get install autodocktools autodock autogrid

実行の仕方
>autodock4

OpenFOAM のインストール

1. Download
Source Pack Installation : http://www.openfoam.org/download/source.php上記のサイトから OpenFOAM-2.1.0.tgzとThirdParty-2.1.0.tgzをダウンロードしてくる。

2. 展開する

>cd
>mkdir ~/OpenFOAM
>cd OpenFOAM
>mv ../Downloads/ThirdParty-2.1.0.tgz  .
>mv ../Downloads/OpenFOAM-2.1.0.tgz .
>tar xvzf OpenFOAM-2.1.0.tgz
>tar xvzf ThirdParty-2.1.0.tgz

Blender インストール

1. インストール

>sudo add-apt-repository ppa:cheleb/blender-svn
>sudo apt-get update
>sudo apt-get install blender

(参考) : http://abikounso.blogspot.jp/2011/04/ubuntu-1010blender-25.html

Amber11 install for ubuntu

[install前の準備]

>bash
>sudo apt-get install zlib*

[installの流れ]
1. Amber11を購入する
・Amber11 page : http://ambermd.org/#Amber11