glut-3.7 インストール

1. imakeとxmkmfをインストールする

>sudo apt-get install xutils-dev
or
>sudo apt-get install imake

※投稿者的には上をお勧めします。

2. glut3.7をダウンロードする
Download page : http://www.opengl.org/resources/libraries/glut/
glut-3.7.tar.gzをダウンロードしてくる。

SSHで公開鍵認証も用いて、パスワードなしでアクセスする方法

1.
クライアント側で

>ssh-keygen -t rsa

全て「Enter」でOK。

2. 実行後、~/.ssh/id_rsa と ~/.ssh/id_rsa.pub という二つのファイルが作成される。

3. 前にrootで作ったssh.tarを自分のホームの下にコピーしてくる。

>su
>cp -rf ssh.tar ~/

4.

>tar -xvf ssh.tar

HDDの初期設定(Ubuntu)

1. HDDを増設させる
一つ目にHDDはジャンパーピンがmasterになっているので、
二つ目として増設させるHDDのジャンパーピンをslaveにする。

※ケーブルセレクティングで自動認識してもよい。
この場合もジャンパーピンも指定しておくようにする。
(参考) : http://homepage2.nifty.com/kamurai/HDD2.htm


2. ドライブ類への信号ケーブルを接続する
マスターは黒色に、スレイブは灰色に接続。
(参考) : http://asugi23.web.infoseek.co.jp/diyf/diy503.htm#2


3. diskが認識されるか確認する。
PCを起動させて、

>sudo fdisk -l
Disk /dev/sda ...
...
Disk /dev/sdb ...
...

今回は二枚目を指したので、
sdaが元々ささっていたHDD(マスター)で、sdbが今回さしたスレイブのHDDだとわかる。

Master & Slaveノードの設定方法(Ubuntu)

・ネットワーク設定
(参考) : http://clown-do.ddo.jp/index.php?id=523

・計算機/クラスタUbuntu
(参考) : http://meme.biology.tohoku.ac.jp/klabo-wiki/index.php?%B7%D7%BB%BB%B5%A1%2F%A5%AF%A5%E9%A5%B9%A5%BFUbuntu

・Master Nodeの設定
1.1. ネットワークの現状確認

>ifconfig -a

(ifconfig説明)：http://www.atmarkit.co.jp/fnetwork/netcom/ifconfig/ifconfig.html

1.2. ネットワークインタフェースの設定
/etc/network/interfacesを設定する。

・ネットワークの設定確認

>cat /etc/network/interfaces

※interfacesファイルは唯一無二なのでそれぞれで必ず指定すること！

Install and Configure MPI by Intel Compiler

1. Download page for mpi

    ・MPICH2  : http://www.mcs.anl.gov/research/projects/mpich2/
    ・OpenMPI : http://www.open-mpi.org/

2. tarファイルを解凍する

    >mv openmpi-1.4.5.tar.gz ~/
    >mv mpich2-1.4.1p1.tar.gz ~/
    >cd ~/
    >tar -xvzf  mpich2-1.4.1p1.tar.gz    or    >gunzip -c mpich2-1.4.1p1.tar.gz | tar -xof -
    >tar -xvzf  openmpi-1.4.5.tar.gz    or    >gunzip -c openmpi-1.4.5.tar.gz | tar -xof -

   (参考) : http://www.mcs.anl.gov/petsc/documentation/installation.html

Intel Fortran Non-Commercial Software Development

[インストールの流れ]
1. "Intel^® Fortran Composer XE 2011 for Linux"からダウンロード。
2. 情報を入力して、32bit/64bit版をダウンロードする。
3. >tar -xvzf filename.tgzで解凍する。
4. メールに添付されたライセンスを今解凍したディレクトリーに置く。
5. 実行する。

>su
>./install.sh

後の流れはCのときと同じ。

Intel C Non-Commercial Software Development

[インストールの前の準備]

※tcshだとapt-getの「*」で起こられるので、必ずbashになってから行うこと。

>bash

>sudo apt-get install gcc*
>sudo apt-get install glib*
>sudo apt-get install libstdc*
>sudo apt-get install libgcc*
>sudo apt-get install build-essential

※A

>sudo apt-get install gcc-multilib
>sudo apt-get install rpm
>sudo apt-get install ia32-libs  (only needed if you install the 32bit compiler)
>sudo apt-get install openjdk-6-jre-headless

※Aのところで、

dpkg: error processing gmetad (--configure):                                              
  subprocess installed post-installation script returned error exit status 9  
Processing triggers for libc-bin ...                                                                
ldconfig deferred processing now taking place                                           
Errors were encountered while processing:                                                
  ganglia-monitor                                                                                           
  gmetad                                                                                                        
E: Sub-process /usr/bin/dpkg returned an error code (1)                            

というエラーを受けた場合の対処方法。

[対処方法]

>sudo adduser --system --ingroup ganglia --home /var/lib/ganglia ganglia
>sudo apt-add-repository ppa:mark-mims/ppa
>sudo apt-get update
>sudo apt-get install ganglia-webfrontend=3.1.7-2ubuntu4
>sudo apt-get install gmetad=3.1.7-2ubuntu4
>sudo apt-get install ganglia-monitor=3.1.7-2ubuntu4

(参照) : https://bugs.launchpad.net/ubuntu/+source/ganglia/+bug/854866